PrimeTabTHE DETAILS BEHIND THE DESIGN
理解 PrimeTab。
从序列规则到模型上下文，了解一次候选设计是如何完成的。
项目概览
PrimeTab 是一个面向 prime editing（先导编辑）研究的候选设计与评分工作空间。用户输入带编辑标记的目标 DNA，网站生成 pegRNA（引导先导编辑的 RNA）候选，并可调用 TabPFN 的云端接口预测编辑效率。
表格基础模型是在大量表格任务上预训练的模型。PrimeTab 把每条候选的序列、长度、碱基组成和热力学信息整理成固定特征，并把相关实验记录一同交给模型，形成当前候选的预测上下文。
PE2 编辑系统、NGG 位点、单处替换 / 插入 / 删除；评分目标细胞为 HeLa。候选生成可以独立运行。
开始一次设计
- 在 Playground 输入目标 DNA 序列，两侧各保留至少 99 个碱基。
- 使用一组括号标记编辑，序列只接受 A、C、G、T。可直接载入示例体验。
- 选择评分模型，按需调整设计参数，然后点击“开始设计”。配置完成的模型会在生成后自动评分。
- 候选生成完成后即可查看和下载。评分未配置时保留候选，服务启用后可继续评分。
| 编辑类型 | 写法 | 含义 |
|---|---|---|
| 替换 | (A/G) | A 替换为 G；多碱基替换需等长 |
| 插入 | (+AT) | 在此位置插入 AT |
| 删除 | (-AT) | 删除此处的 AT |
PBS 是引物结合区，默认长度为 7–15 个碱基。RTT 是逆转录模板，“RTT 延伸”表示编辑位置后保留的同源碱基数，默认为 3–19。长度参数支持单值、范围和逗号列表，例如 13、7-15、7,9,11。
生成与评分方法
1. 候选枚举
候选生成逻辑由原项目的 PRIDICT2 衍生生成器移植而来。在正反两条链上检查编辑附近的 NGG 位点，根据 PBS、RTT 延伸、编辑距离与编辑长度组合枚举候选，保留 spacer（靶向区）、PBS、RTT、完整 pegRNA 与克隆用序列。
2. 固定特征
每个设计计算 73 列原始特征，包括长度、碱基比例、连续同碱基片段、PAM 的变化、熔解温度和 RNA 折叠自由能。碱基类别按照固定位置编码，得到 107 维数值输入。缺失值填补和标准化使用归档 HEK293T 参考集的参数。
3. 为每条候选选择上下文
评分沿用归档的 HeLa 局部参考策略：每条候选选择 16 条 HeLa 实测记录，并加入 984 条 HEK293T 记录，共 1,000 条。HEK293T 部分包含标签分层样本、候选近邻，以及与 HeLa 参考样本相关的近邻。当前任务中的相同靶位点会从两类参考数据中排除。
服务器用 CPU 完成特征计算与参考检索，将选定的数值特征和标签发送到模型服务。每条候选拥有独立上下文。云端调用进度按已得到有效返回的候选数量更新。
4. 保存可追溯结果
候选编号、设计参数、模型名称、运行时间、上下文策略、预测尺度及原始分数写入导出文件。网站后台保存逐候选检索摘要与服务调用检查点，支持中断后继续处理。
模型与接口
| 模型 | 接入方式 | 启用条件 |
|---|---|---|
| TabPFN | Prior Labs 官方 Python 客户端 | 服务器配置 API 密钥及参考数据 |
| LimiX2 | Coming soon | 后续开放 |
Playground 会显示每个服务的当前配置状态。API 密钥保存在服务器，不下发给浏览器。供应商的额度、排队情况和网络状态会影响评分时间。每条候选采用独立上下文，默认示例产生 612 条候选，完整云端评分可能需要数小时。
在线接口由供应商提供模型推理。历史研究使用固定版本的本地 TabPFN 权重，在线服务的结果需针对实际接口版本重新验证。LimiX2 计划在后续版本开放。
理解结果
预测效率按百分比显示，CSV 同时保留原始小数值与百分比。原始输出不截断，少量预测可能超出 0–100% 范围。排序用于比较当前任务中的候选；当前流程没有估计经过校准的置信区间。
候选表包含 spacer、PBS、RTT 和完整 pegRNA。表格内的序列采用 DNA 字母表示，方便克隆设计与原项目文件互通。结果中的候选顺序可以按预测分数或长度查看。
“导出候选”包含生成阶段的完整设计和特征；“导出评分”包含评分与排名；“运行记录”包含参数和方法信息。
任务与历史
首次访问 Playground 时，网站通过必要 Cookie 识别当前浏览器。无需注册或登录。任务、结果和进度保存于服务器；刷新页面会回到正在运行的任务，多标签页会看到相同进度。
同一浏览器身份同时允许一项运行中的任务。重复点击与网络重试会复用同一个提交编号。断网期间服务器继续计算，恢复连接后网页自动查询最新状态。
在“历史记录”中可以搜索和打开过去的任务。在“找回记录”中生成并妥善保存恢复码，之后可在另一设备输入恢复码重新访问记录。恢复码相当于访问凭证。生成新恢复码后，旧恢复码失效；已经登录该匿名身份的浏览器会话继续有效。
清理 Cookie、使用隐私窗口或更换浏览器会创建新的身份。没有保存恢复码的旧记录无法由新身份访问。匿名方式按浏览器身份限制任务，无法保证同一自然人只拥有一个身份。
取消操作会停止本站的后续处理。已经提交给供应商的推理可能仍会完成。遇到结果不明确的提交，系统会暂停重复发送，保留检查点供核对。
数据与隐私
网站与任务数据库部署于德国服务器。本站保存用户提交的序列、设计参数、生成候选、任务状态与结果，用于任务恢复和历史查询。必要 Cookie 保存随机会话标识，有效期一年；网站不使用广告或行为分析脚本。
选择云端评分后，候选的数值特征、选定参考记录及实验标签会发送至所选模型供应商。候选生成阶段在本站服务器完成。服务的存储位置与数据处理方式以供应商说明为准。
当前历史记录保留至运维清理，尚未提供自动到期删除或自助删除。请下载需要长期保存的结果。任务接口逐项检查归属，猜测任务编号无法读取其他访客的数据。
范围与限制
- 每次一处编辑；输入最长 10,000 个字符。
- PBS 与 RTT 长度参数为 1–100，组合最多 256 种；每项任务最多生成 5,000 条候选。
- 默认每个浏览器身份每天最多创建 30 项任务，每个身份 24 小时内最多完成 2,000 条云端预测，并有站点队列和访问频率限制。
- 参考细胞背景、编辑系统、试验条件和输入分布会影响预测适用性。
- 网络暂时中断可以恢复；浏览器须允许必要 Cookie 和 JavaScript。
来源与实现
在线实现：2026 年 10 月。项目代码保留第三方来源和许可说明。